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转录组与代谢组联合分析：设计要点、通路整合与生物学解释框架

联合分析不是要把两个庞大数据表硬拼成一张更大表，而是在统一生物学假设下，让转录变化与代谢末端表型互为证据：前者提示调控候选，后者刻画功能执行层面的化学读出。理想情况下两组学来自层级对应的样本——同一时间点、同一处理梯度、可追溯的个体差异——再配合严

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植物代谢组学研究：初生/次生代谢、取样策略与 LC-MS 分析要点

植物代谢组学在同一株植物上同时面对极高化学多样性：糖酸、氨基酸、生物碱、萜类、酚酸、类黄酮等往往共现于一次提取液。研究问题决定关注初生代谢通路（碳氮流、能量）还是次生代谢（抗逆、品质、药用成分）——两者前处理与色谱体系并不总是可一套到底。关键挑战主题实操提示

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宏蛋白质测序与宏蛋白组学：环境样品的质谱序列策略与常见问题

宏蛋白质（或称环境蛋白质、宏蛋白）指来自土壤、水体、淤泥、发酵体系、肠道群落等环境中的微生物所表达的蛋白质集合。与传统的培养单菌株蛋白质组相比，样品往往具有基质复杂、物种混合、动态范围大等特点。所谓宏蛋白质测序，核心目标仍是对混合物中的肽/蛋白进行序列层面的解析：阐明肽链数目与连接关系、推断氨基

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甲基化蛋白质检测怎么用质谱做得准：位点分型、定量思路与常见问题

蛋白质甲基化指活性甲基供体在一系列酶的作用下，将甲基共价转移至蛋白侧链的反应；其中精氨酸甲基化可呈单/双甲基化形式，赖氨酸甲基化常见单、双、三甲基梯度。若以质谱进行检测，我们通常无法直接读出整块蛋白胶片上的甲基化条带，而是以酶切成肽 → 色谱分离 → 多级质谱为核心，通过在肽

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蛋白质COG注释