背景简介
HRD (Homologous Recombination Deficiency) 即同源重组修复缺陷，主要是由于HRR相关基因的突变和表达失衡导致细胞失去了通过同源重组的方式对双链断裂的DNA进行正确修复的能力。而无法正确修复的DNA会在整个基因组层面上留下“瘢痕”。通过检测这些“瘢痕”即可评估修复缺陷的程度。HRD普遍存在于不同肿瘤中，其中卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和胰腺癌尤为明显，其状态可以提示肿瘤细胞对PARP抑制剂和铂类药物的敏感性。因此，可以通过对HRD的检测结果进行疗效预测，指导用药。
材料与方法
本次测试使用的标准品及其参考值由菁良科技（深圳）有限公司（简称“菁良”）提供，具体信息见下表。每个HRD标准品取200 ng，进行酶切建库(QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0，Dynegene)，预文库使用快速杂交试剂(QuarHyb Super Reagent Kit Pro，Dynegene)搭配HRD Panel (QuarXeq HRD Probes 1.0，Dynegene) 进行捕获。在Illumina平台和华大智造DNBSEQ-G99平台进行测序，测序深度＞200×。使用sequenza和scarHRD软件进行ASCN分析和HRD Score计算。
菁良HRD标准品信息
| 产品编码 | 标准品 | HRD参考值 |
| GW-FGTM003-T | GW3-N | 34 |
| GW-FGTM003-N | GW3-T | |
| GW-FGTM009-T | GW9-N | 52 |
| GW-FGTM009-N | GW9-T | |
| GW-FGTM012-T | GW12-N | 94 |
| GW-FGTM012-N | GW12-T |
迪赢相关试剂信息
| 说明 | 产品名称 | 货号 |
| 建库 | QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0 | NL1002 |
| 接头引物 | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA | NA2002 |
| - | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA for MGI | NA2010 |
| 捕获 | QuarXeq HRD Probes 1.0 | NY1018 |
| - | QuarHyb Super Reagent Kit Pro | NC1006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 2.0 | NF2006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 for MGI Dual | NF2025 |
实验流程
结果
联合测试结果与标准品参考值一致
使用菁良的HRD标准品搭配迪赢HRD panel进行杂交捕获流程，illumina平台测序；使用相应的分析软件进行HRD score分析。从分析结果看，本次HRD评分与标准品WGS参考值趋势相同，且阴阳性判读一致。
| 标准品 | 标准品参考值 | 迪赢HRD panel分析 | ||
| HRD score | 阴阳性 | HRD score | 阴阳性 | |
| GW3 | 34 | 阴性 | 18 | 阴性 |
| GW9 | 52 | 阳性 | 50 | 阳性 |
| GW12 | 94 | 阳性 | 70 | 阳性 |
不同测序平台HRD标准品评估一致
本次测试采用迪赢HRD panel在不同测序平台illumina、MGISEQ-2000和DNBSEQ-G99进行HRD标准品检测，对测序数据使用相应的分析软件进行HRD score分析。从分析结果看，不同测序平台的HRD score结果一致，与标准品WGS参考值趋势基本一致。
本次测试表明，在不同测序平台上迪赢HRD panel的分析结果与标准品一致。
关于华大智造
DNBSEQ-G99为华大智造推出的小型化双载片测序平台，特别适用于靶向基因测序和小型基因组测序。基于DNBSEQ核心技术，G99在测序载片上首次采用了三角形矩阵式信号位点，在更小面积的载片上实现了更高密度的数据产出，整机通量8-48Gb。通过高度集成的流体系统, 同时配合超快速的生化反应体系，G99突破性地实现了12小时可完成PE150测序。从用户需求出发，在提供高质量的测序数据的同时，做到快速、简单、灵活，能为测序工作带来绝佳的体验，应用场景广泛。
关于迪赢生物
上海迪赢生物科技有限公司（DYnegene Technologies Co. Ltd），于2018年成立，是一家处于迅速发展期的创新型高科技公司，获得国内知名投资机构火山石资本, 巢生资本，和玉资本、博裕资本、翰森资本和字节跳动等的数亿元级的风险投资，是我国目前率先实现超高通量新一代DNA合成技术、装置开发并开展商业化生产的企业，能够为合成生物学、生物医药、分子诊断等新兴产业提供上游原料、分析工具和技术支持。迪赢生物通过颠覆式创新，成功开发了自主知识产权的3D喷墨打印超高通量原位核酸合成平台，实现了国内该领域从零到壹突破，其核酸类产品的通量、正确率和长度等技术指标均达到全球领先水平，已经获得了众多分子诊断、抗体药物筛选、新型生物制造、核酸药物开发、基因组从头拼接、DNA存储、空间单细胞分子组学研究领域客户和合作伙伴的青睐与认可。
关于菁良
菁良科技（深圳）有限公司是全球领先的提供体外检测标准品的研发创新型高科技企业。
体外检测需要标准品！随着经济的快速发展，科技细分领域的不断拓展，国民生活水平的不断提高，检验检测市场需求也随之快速上升，体外检测进入高速发展阶段。然而配套的质量控制和规范化意识却相对滞后，很大一部分体外检测方法仍然存在效率低下且检测准确率有限的情况。菁良通过自主研发的高科技平台，向体外检测行业用户及合作伙伴提供全球领先的标准物质、第三方质控产品和研发参考品服务，助力提高行业检测准确率！